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Die japanische Version dieser Erweiterung dreht sich um die Pokémon Darkrai, Dialga und Palkia, was eine Verknüpfung zu ihrer Rolle im zehnten Kinofilm ist, der in Japan fast zeitgleich mit der Erweiterung erschien. In der englischen (und damit zusammenhängend der deutschen) Version wurden einige Karten entfernt, damit diese näher an dem englischen Erscheinungstermin des Films erscheinen. Um diese Lücke zu schließen, wurden einige Karten aus der folgenden japanischen Erweiterung DP4 dieser Erweiterung hinzugefügt, die dann fast zeitgleich mit ihrem japanischen Release in Englisch erschienen.

Herausgenommende Karten sind: Darkrai, Darkrai LV.X, Dialga, Dialga LV.X, Palkia, Palkia LV.X
Hinzugefügte Karten sind: Guardevoir, Roserade, Elevoltek, Magbrant, Snibunna, Roselia, Elektek, Magmar, Guardevoir LV.X, Kramshef LV.X
Guardevoir und Kramshef wurden hinzugefügt, da die Erweiterung ansonsten keine LV.X enthalten hätte. Magbrant und Elevoltek wurden hinzugefügt, um mit ihnen zwei Themendecks zu bauen, weil die japanischen aus Darkrai, Dialga und Palkia bestanden und diese entfernt wurden. Also wurden Teile der Decks zu DP4 in diese Erweiterung eingebaut, dafür bestehen nun die Decks zu der englischen und deutschen Version von DP4 aus Darkrai, Dialga und Palkia.

In Rätselhafte Wunder gibt es wie in Geheimnisvolle Schätze wieder Pokémon, die Items tragen. Diesmal sind es aber keine Beeren, sondern Entwicklungsitems. Allerdings gibt es in dieser Erweiterung wieder nur 3 Pokémon, die ein Item halten.